Nowy rok w Hogwarcie przynosi zmiany, które nie wróżą niczego dobrego. Severus Snape (Alan Rickman), którego Harry Potter (Daniel Radcliffe) darzy wyjątkową niechęcią, obejmuje stanowisko nauczyciela obrony przed czarną magią – przedmiot, który od zawsze wydawał się jego obsesją. Tymczasem Albus Dumbledore (Michael Gambon) wprowadza do kadry nową twarz: ekscentrycznego, ale wpływowego Horacego Slughorna (Jim Broadbent), który przejmuje nauczanie eliksirów. Podczas pierwszej lekcji Harry trafia na stary, zniszczony podręcznik, należący niegdyś do tajemniczego "Księcia Półkrwi". Dzięki jego notatkom i sekretom szybko zostaje najlepszym uczniem w klasie, ignorując przestrogi Rona (Rupert Grint) i Hermiony (Emma Watson), którzy podejrzewają, że księga może skrywać niebezpieczne tajemnice. Jednak to nie jedyny powód do niepokoju. Dumbledore coraz bardziej angażuje Harry'ego w odkrywanie mrocznej przeszłości Lord Voldemorta (Ralph Fiennes). Razem zanurzają się w zapomnianych wspomnieniach, by znaleźć klucz do jego zniszczenia. Tymczasem w cieniu korytarzy Hogwartu czai się zagrożenie, którego nikt nie podejrzewa – Draco Malfoy (Tom Felton), chłopak dotąd znany głównie z aroganckich docinków, teraz skrywa mroczny sekret. Jest szpiegiem Czarnego Pana, a jego misja może przesądzić o losach całego świata magii.