Mały Adaś Niezgódka (Sławomir Wronka) trafia do miejsca, które wykracza poza granice wyobraźni – Akademii Pana Kleksa. To niezwykła szkoła, gdzie nauka staje się przygodą, a magia miesza się z codziennością. Jej ekscentryczny dyrektor, Ambroży Kleks (Piotr Fronczewski), to nie tylko nauczyciel, ale i czarodziej, wynalazca oraz podróżnik, który wciąga swoich uczniów w świat pełen tajemnic i niezwykłości. W Akademii jest jednak pewna zasada – uczęszczać do niej mogą wyłącznie chłopcy, których imiona zaczynają się na literę A.

Adaś szybko odkrywa, że w murach szkoły kryje się wiele sekretów. Spotyka mówiącego ptaka Mateusza, który skrywa smutną historię zaklętego księcia, odnajduje tajemniczy guzik doktora Paj-Chi-Wo (Wiesław Michnikowski), a także wpada na trop zagadkowego fryzjera, Filipa Golarza (Leon Niemczyk). To właśnie on knuje spisek, który może zagrozić istnieniu Akademii.

Wszystko się zmienia, gdy Golarz wprowadza do szkoły chłopca-robota – istotę, która nie zna emocji i została stworzona z jednym celem: zniszczyć Akademię. Teraz Adaś i jego przyjaciele muszą odkryć prawdę, zanim magia i marzenia zostaną bezpowrotnie utracone.