Harry Potter (Daniel Radcliffe) i Ron Weasley (Rupert Grint) po wakacjach są gotowi, by wrócić do Hogwartu. Jednak coś idzie nie tak – magiczna bariera na peron 9 i ¾ nie chce ich przepuścić. Okazuje się, że to sprawka Zgredka (Toby Jones), domowego skrzata, który za wszelką cenę chce powstrzymać Harry’ego przed powrotem do szkoły. Dlaczego? Tego jeszcze nikt nie wie. Zdeterminowani, by dostać się do Hogwartu, Harry i Ron decydują się na szaleńczą podróż latającym samochodem ojca Rona (Mark Williams). Po dramatycznym lądowaniu na bijącej wierzbie udaje im się dotrzeć do szkoły, ale to dopiero początek ich problemów. W Hogwarcie zaczynają dziać się przerażające rzeczy – uczniowie mugolskiego pochodzenia padają ofiarą tajemniczej mocy i zostają spetryfikowani. Wkrótce wychodzi na jaw, że za atakami stoi dziedzic Slytherinu, który otworzył legendarną Komnatę Tajemnic i wypuścił ukrytą w niej bestię. Podejrzenia szybko padają na Harry’ego, ponieważ jako jedyny w szkole posiada niezwykły dar – potrafi rozmawiać z wężami, podobnie jak kiedyś Lord Voldemort. Hogwart staje w obliczu zamknięcia, a Hagrid (Robbie Coltrane) zostaje uwięziony w Azkabanie. Harry, Ron i Hermiona (Emma Watson) muszą rozwikłać zagadkę Komnaty Tajemnic, zanim szkoła zostanie na zawsze pogrążona w mroku.